뭐가 문제일까요??

EOF는 문자가 아닙니다. gets(s);로 읽었을 때 EOF를 만나게 되면 s[0]에 EOF가 저장되는 것이 아니라 gets 자체에서 null을 return하는 방식으로 동작합니다. 즉 gets(s);if(s[0]==EOF)break; 이 부분을 if(!gets(s)) break; 이렇게 고쳐봅시다.