에러가 아웃풋 리밋 익시드로 바뀐걸 보면 무한루프 문제는 해결된것 같아요. 샘플 인풋까지는 정상 처리되는데 뭐가 문제일까요?

아니요 무한루프 문제가 해결되지 않았습니다. 현재 코드는 EOF가 들어와서 더이상 입력이 없는 경우에 while(true) 반복문을 종료시키는 부분이 없습니다. if(!gets(arr)) break; 를 시도해보세요.

현재 코드의 if(arr[strlen(arr)-1]==EOF) 부분은 반복문탈출의 역할을 하지 못하나요?

네 못합니다. 왜냐하면 gets 뒤에 arr[strlen(arr)] = '\n'; 을 넣으셨는데.. 이렇게 되면 arr[strlen(arr)-1] 에 들어가있는 값은 Always, 항상, 언제나, '\n'이 되겠죠?

잘 해결됐습니다!! 감사합니다 ㅎㅎ