네 출력양식의 오류입니다. 안타깝게도 \b를 사용하시면 출력양식으로 인해 WA 가 뜨게 됩니다.
for (int l=0; l<T;l++){
minfact(numbers[l],bomb);
while (!bomb.empty()) {
System.out.print(bomb.pop()+" ");
}
if (bomb.empty()){
System.out.print("\b");
System.out.println();
}
}
해당 코드에서 \b를 쓰지 마시고 마지막 소인수를 출력한 후에 바로 엔터가 나오게끔 만드시면 됩니다.