어디서 틀린것인지 알수가 없습니다. 첫줄둘째줄을 모두 저장하고 둘째줄의 문자가 첫째줄과 일치하면 그 문자를 지우고 첫째줄의 저장라인에서 없앴습니다. for를 이용하여 모든 범위에서 모든 문자로 다지웠는데 어떤 문제가 생긴건지 모르겠습니다.

몇가지 문제점이 보이네요 1. arr1과 arr2의 문자열 마지막에 null이 없습니다. 2. 12번 라인에 문제가 있습니다. c=getchar()를 통해서 또 한번 문자를 받고 \n인지 비교하기 때문입니다. 해당 라인을 없애보세요 3. if (arr1[i] == arr2[j]) { arr1[i] = arr1[i++]; continue; } 부분에 문제가 있습니다.