실행해보면 제대로 되는 것 같은데 계속 런타임에러만 뜹니다 어떻게 해야되죠?

문제 조건에 "각 라인의 길이는 1000을 넘지 않는다." 라고 되있네요. 즉, 한 줄에 길이 1000인 문자열이 2147483647줄만큼 들어올 수도 있다는 뜻입니다. 지금 잡으신 배열의 크기 1000으론 부족할 수도 있죠... 입력이 모두 끝나기 전에 printf로 출력해도 문제될 것은 없습니다. 이 점 참고바라며.. 여담으로 길이가 1000인 문자열을 저장하기 위해선 배열의 크기가 1001이 되어야합니다.